「サンダーストーン」は、名だたるヒーローたちや魔法の呪文や強力な武器を揃えたパーティを編成して、伝説のサンダーストーンの1つを見つけ出すことです。

最初に「ダンジョン」を作ります。モンスターをランダマイザで選び、ダンジョンデッキを作ります。デッキから10枚を取り、サンダーストーンカードとシャッフルして、デッキの底に置き、ダンジョンホールにカードを置きます。
次に「村」を作ります。最初にベーシックカードを置き、ヒーローをランダマイザで選び、レベル3、レベル2、レベル1の順で積みます。
村の物品をランダマイザで選び、病気カードと経験値カードを準備します。
最後にパーティデッキを作ります。ベーシックカードからパーティデッキ用カードを取り、シャッフルして最初の手札をドローする。

手番では、自分のターンで以下のいずれかを行います。
「村へ行く」「ダンジョンに入る」「休息する」の3つのうちどれか1つをしなければなりません。

村へ行く：
1、手札を晒します。
2、晒したカードに何らかの「村効果」の記載があれば、発動させることができます。効果を発動させられませんし、記載されている効果も一度しか発動できません。効果及びゴールドを作る能力は累積されます。
3、ステップ2で作られたゴールドに加えて、プレイされてまだ場に残っているカードすべてのゴールドを加えただけの金を作ります。
4、村からカードを1枚購入できます。購入したカードは捨て札に置きます。使われなかった分の金は失ってしまいます。カードの効果によって複数のカードを購入できる場合には、その合計コストがステップ3で作られた金額以下でなければなりません。
5、最後に経験値を使って手札にあるヒーローカードを好きな枚数だけレベルアップできます。詳しくは「レベルアップ」の項をご覧ください。
6、使用したか否かに関わらず、カードをすべて表に向けて捨て札とし、新たな手札としてカードを6枚ドローして手番を終えます。

ダンジョンに入る：
1、手札を晒します。
2、晒したカードについて、何らかのダンジョン効果の記載があればそれを使っても構いません。ヒーローには体力条件に合う物であれば、武器を1つずつ装備できます。
3、どの階層にいるモンスターと戦闘するか宣言します。
4、戦闘を解決します。「灯りペナルティ」をすべて含めた上であなたの攻撃力の合計を求め、モンスターの戦闘効果を解決します。倒せなかったモンスターはダンジョンデッキの底に置きます。倒せた敵と《病気》カードをあなたの捨て札にします。戦勝報酬があれば獲得します。空いたダンジョンホールに、高い階層から低い階層に（第3階層から第2階層など）モンスターカードを移動させ、さらに空いたダンジョンホールにダンジョンデッキからモンスターカードを補充します。もしあれば突破効果を解決します（「突破効果」の項をご覧ください）。
5、使用したか否かに関わらず、カードをすべて表に向けて捨て札とし新たな手札としてカードを6枚ドローして手番を終えます。

休息する：
1、手札のカードを1枚破壊できます。
2、カードをすべて表に向けて捨て札とし新たな手札としてカードを6枚ドローして手番を終えます。

戦闘に勝利して《サンダーストーン》カードを獲得した場合、もしくはモンスターカードの戦闘に失敗するなどして《サンダーストーン》カードが第1階層に到達した場合、ゲームはただちに終了します。